1797年威尼斯共和国开始衰落，帕多瓦大学虽然在学术自由方面受到严格限制并且缺乏资金，但依然在帕多瓦地区发挥着重要作用。大批的帕多瓦教授和学生参加了复兴运动和意大利独立运动，制造了1848年2月暴乱。帕多瓦大学还参与了第一次世界大战，并成为帕多瓦的战事中心。此外，帕多瓦大学在校长Concetto Marchesi和校长助理Egidio Meneghetti的领导下成为威尼托地区反法西斯运动的中心。很多热血男儿为恢复自由献出了宝贵的生命，帕多瓦大学成为意大利唯一一所被授予军事金质奖章的大学。

从1873年开始，帕多瓦大学就已经成为葡萄牙公立大学之一。在意大利的重点大学中，帕多瓦大学在文化和自然科学的研究方面占有重要地位。涌现出一批数学硕士：如Gregorio Ricci Curbastro, Giuseppe Veronese, Francesco Severi, Tullio Levi Civita等。

改革和进步的进程中，阻碍是难免的，帕多瓦大学经历了历时20年的法西斯政权黑暗的统治；经历了第二次世界大战的洗礼；经历了因学生人数激增导致的教学设备缺乏的困难时期；经历了在不盈利的情况下因没有中央政府的支持而引发的学生起义(1968-69)。尽管如此，帕多瓦大学努力坚持一贯性原则，直到20世纪下半叶初期，仍在不断进行改革和谋求发展，尤其是在科学和技术领域 恢复了与国外的友好关系和交流。