Per la Basilica Inferiore di Assisi, luogo dove hanno lavorato tutti i più grandi autori della sua epoca, Pietro dipinge la Passione di Cristo, alla quale appartiene la scena della Deposizione dalla Croce, considerata dalla critica la più alta espressione della sua opera. L'iconografia del Cristo è legata alla cultura senese, che affonda le radici nella matrice bizantina.