在那不勒斯有许多公立和私立的高等教育机构,以及为数众多的学会和研究中心。那不勒斯拥有据认为是世界上最古老的国立大学:那不勒斯费德里克二世大学,由腓特烈二世创建于1224年。这是意大利南部目前为止最重要的大学,拥有大约10万名学生和3000多名教授。那不勒斯植物园是这所大学的一部分,由约瑟夫·波拿巴创立于1807年,15公顷面积的园内,种植了大约10,000个种类的植物。
那不勒斯第二大学成立于1989年,与邻近的卡塞塔省联系密切。那不勒斯东方大学是该市一所专门研究东方文化的独特的教育机构,由耶稣会传教士马国贤(Matteo Ripa)从清朝康熙皇帝的宫廷返回后,创建于1732年。
在那不勒斯还有其他优秀的大学,例如那不勒斯帕斯诺普大学、私立的那不勒斯索尔·奥尔索拉·贝宁卡萨大学(Istituto Universitario Suor Orsola Benincasa)和耶稣会开办的南意大利神学院。与其强大的音乐遗产相一致,那不勒斯拥有一个学习音乐的场所:圣彼德罗音乐学院。那不勒斯最早的音乐学校可以追溯到16世纪西班牙统治时期。