博洛尼亚是在公元前534年建立,伊特鲁里亚人在此建造茅舍,围以石墙,成为最早的都市,当时称菲尔辛纳(Felsina),以牧羊业为主。公元前四世纪该城被高卢帝国所占领,改称作Bononia。当时已有二千个拉丁裔家庭居于该城。至公元前88年已是一个大城市。
公元190年,经过两次血战,罗马人终于夺取此城,易名为博洛尼亚,并进行殖民统治。罗马帝国崩溃后历经拜占庭帝国、伦巴得人和法兰克人的统治,直到11世纪才成为自由城邦。1088年欧洲有史以来第一家大学建成。文艺复兴期间,该城是意大利唯一城市容许女性担任专业职位,和获取大学学位。
自1513年成为教皇国的一部分。博洛尼亚还经历了拿破仑统治时期,最后隶属于意大利王国。